生物医学学院一直以来高度重视“产学研用”结合，充分利用企业、科研单位等多种不同教学环境和教学资源在人才培养方面的优势，先后与深圳华大基因研究院、亚泰制药有限公司、中侨制药集团、福建太平洋制药有限公司、珠海雅富集团、厦门北大之路生物工程有限公司、厦门中药厂、厦门星鲨药业集团等建立合作关系，把以课堂传授知识为主的学校教育与直接获取实际经验、实践能力为主的生产、科研实践有机结合，取得了良好的效果。
学院目前拥有华侨大学附属海峡医院（中国人民解放军第180医院）、华侨大学附属德化医院、华侨大学附属泉州市第三医院，并缔结晋江市医院、泉州德诚医院成为临床教学医院，同泉州中医院、泉州滨海医院签署实习医院协议书。附属海峡医院和晋江市医院负责主要的临床教学工作，包括专业课程的理论授课，见习指导和实习带教。
